สถาบันวิจัยและพัฒนา มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ได้จัดตั้งขึ้นตามกฏกระทรวงที่ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 123 ตอนที่ 118 ก เมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน 2549 เรื่อง การจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2549 ภายหลังจากที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ได้แยกจากมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ. 2548
ปัจจุบัน มี ดร.อนันต์ พงศ์ธรกุลพานิช เป็นผู้อำนวยการสถาบันวิจัยและพัฒนา มีรองผู้อำนวยการได้ 3 ตำแหน่ง ซึ่งแบ่งเป็น
1. รองผู้อำนวยการ ฝ่ายบริหาร ได้แก่ นางสาววรรษมนต์ สันติศิริ
2. รองผู้อำนวยการ ฝ่ายวิชาการ ได้แก่ นายดนุชวัฒน์ สุวรรณศิลป์
3. รองผู้อำนวยการ ฝ่ายพัฒนางานวิจัย ได้แก่ ดร.มนัน ชาญนำสิน
สถาบันวิจัยและพัฒนา มีคณะกรรมการประจำสถาบัน ซึ่งแต่งตั้งโดยอธิการบดี เป็นผู้กำกับดูแลกิจการของสถาบันฯ คณะกรรมการบริหารสถาบันวิจัยและพัฒนา มีกำหนดวาระการประชุม 2 เดือน/ครั้ง ทั้งนี้ในกรณีมีเรื่องเร่งด่วนอาจเรียกประชุมเป็นการเฉพาะได้
1. งานบริหารงานทั่วไป
2. งานส่งเสริมและพัฒนาวิจัย
3. งานบริหารทุนวิจัย
4. งานสิทธิประโยชน์
5. งานบริการวิชาการและถ่ายทอดเทคโนโลยี
