สถาบันวิจัยและพัฒนา มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ได้จัดตั้งขึ้นตามกฏกระทรวงที่ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 123 ตอนที่ 118 ก เมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน 2549 เรื่อง การจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2549 ภายหลังจากที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ได้แยกจากมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ. 2548
ปัจจุบัน มี ผศ.ดร.ตวงสิริ สยมภาค เป็นผู้อำนวยการสถาบันวิจัยและพัฒนา มีรองผู้อำนวยการได้ 3 ตำแหน่ง ดังนี้
1. ผศ.ดร.สมทบ สันติเบ็ญจกุล
2. ผศ.ดร.นัจภัค สุขสวัสดิ์
3. อาจารย์ทรงวุฒิ บุญส่ง
กรอบการทำงานของสถาบันวิจัยและพัฒนา เมื่อแรกตั้งได้ถูกกำหนดความรับผิดชอบ กำกับและดูแลการบริหารงานวิจัยและงานบริการวิชาการและถ่ายทอดเทคโนโลยีของมหาวิทยาลัย แต่ต่อมาได้มีการโอนงานบริการวิชาการ ออกจากสถาบันวิจัยและพัฒนา ไปอยู่ในความรับผิดชอบของกองกิจการพิเศษ ตั้งแต่วันที่ 11 กรกฎาคม 2550 คงเหลือเฉพาะส่วนงานบริหารการวิจัย และงานถ่ายทอดเทคโนโลยีที่เกิดจากงานวิจัย ต่อมามีการยุบรวมหน่วยงาน และได้โอนงานบริการวิชาการมาอยู่ในความรับผิดชอบของสถาบันวิจัยและพัฒนาอีกครั้งหนึ่ง
สถาบันวิจัยและพัฒนา มีคณะกรรมการประจำสถาบัน ซึ่งแต่งตั้งโดยอธิการบดี เป็นผู้กำกับดูแลกิจการของสถาบันฯ คณะกรรมการบริหารสถาบันวิจัยและพัฒนา มีกำหนดวาระการประชุม 2 เดือน/ครั้ง ทั้งนี้ในกรณีมีเรื่องเร่งด่วนอาจเรียกประชุมเป็นการเฉพาะได้
สถาบันวิจัยและพัฒนา มีคณะกรรมการประจำสถาบัน ซึ่งแต่งตั้งโดยอธิการบดี เป็นผู้กำกับดูแลกิจการของสถาบันฯ คณะกรรมการบริหารสถาบันวิจัยและพัฒนา มีกำหนดวาระการประชุม 2 เดือน/ครั้ง ทั้งนี้ในกรณีมีเรื่องเร่งด่วนอาจเรียกประชุมเป็นการเฉพาะได้
โดยปัจจุบัน สถาบันวิจัยและพัฒนา มีการแบ่งส่วนงานภายใน ดังนี้
1. งานบริหารงานทั่วไป
2. งานส่งเสริมและพัฒนาวิจัย
3. งานบริหารทุนวิจัย
4. งานจัดการสิทธิเทคโนโลยี
5. งานบริการวิชาการและถ่ายทอดเทคโนโลยี
1. งานบริหารงานทั่วไป
2. งานส่งเสริมและพัฒนาวิจัย
3. งานบริหารทุนวิจัย
4. งานจัดการสิทธิเทคโนโลยี
5. งานบริการวิชาการและถ่ายทอดเทคโนโลยี
6. งานมาตรฐานการวิจัย
7. งานสารสนเทศและฐานข้อมูล
7. งานสารสนเทศและฐานข้อมูล